Epidémio-Génétique
Mission et objectifs,
La génétique humaine est entrée dans l'ère du génome. L'étude des maladies multifactorielles (résultant des effets combinés d'une variation observée au niveau de plusieurs locus génétiques et des influences environnementales) nécessite l'apport d'outils méthodologiques spécifiques et une collaboration étroite entre cliniciens, généticiens et épidémiologistes. L'épidémiologie génétique est une discipline en plein essor qui nécessite des compétences spécialisées et des méthodes complexes d'analyse.
Animé par le CHU de Brest depuis 2008, le premier objectif de ce réseau a été de recenser les compétences existantes en épidémiologie génétique et les besoins à couvrir dans l'interrégion du Grand Ouest. A ces fins, une rencontre avec chaque établissement a été organisée.
Ce réseau apporte également une aide méthodologique en épidémiologie génétique lors des campagnes PHRC.
En 2008 il a apporté son expertise à 3 projets qui ont été retenus et financés au PHRC National et interrégional.
En 2008, le site de Brest a organisé la nouvelle Unité d'Enseignement d'épidémiologie génétique dans l'option « Epidémiologie » du Master 2 « Modélisation en Pharmacologie Clinique et Epidémiologie ».
Le réseau épidémiologie génétique de l'interrégion grand ouest propose ses services dans l'élaboration et l'analyse d'études de recherche clinique comportant une composante génétique.
Exemples de domaines dans lesquels nous pouvons apporter notre expertise :
- Analyse de l'héritabilité d'une maladie
- Etude de jumeaux
- Analyse de liaison de données familiales (linkage) :
- phénotypes binaires/quantitatifs
- prise en compte de données environnementales, de l'âge des individus, des individus non-affectés
- Ajustement du test de liaison à une association avérée.
- Etude d'association avec des données familiales, type TDT, FBAT, ajustement du test d'association au vu de l'analyse de liaison
- Etude d'association de gènes candidats :
- association de polymorphismes et d'haplotypes
- interaction entre gènes
- test global d'un système de gènes (pathway)
- Scan pan-génomique d'association (GWA):
- choix des SNPs, gestion du fardeau des données
- problèmes de mélanges de populations (stratification)
- Combinaison, de données obtenues sur différentes plateformes : imputation de SNPs grâce aux données HapMap
- Etude pharmaco-génétique
- Analyse des CNVs
- Méta-analyse de cohortes variées
- Choix de logiciels : Merlin, Plink, Haploview, PHASE, ...
- Analyse statistique des données transcriptomiques
En 2009
l'objectif est de mettre en place un véritable réseau qui fédérera les différentes équipes de recherche des 6 CHU du Grand Ouest dans ce domaine autour d'un projet commun et de réaliser des transferts de compétences.
Fiche signalétique,
| Nom du réseau : | Réseau d'épidémiologie-génétique |
| Coordonnateur : | Pr Claude Ferec |
| Animateurs : | Emmanuel Nowak, Jérémie Lebrec, Virginie Scotet |
| Email : | emmanuel.nowak@chu-brest.fr |
| Téléphone : | 02 98 14 50 00 |
Membres,
| Angers : | |
| Brest : | |
| Nantes : | |
| Poitiers : | |
| Rennes : | |
| Tours : | |
| Orléans : |
